En la pelea de Naruto y Pain, Naruto rompe el sello de su estómago y causa la liberación de las 8 colas. Luego de esto ante la confusión y desesperación de Naruto por las palabras de Pain, el Kyūbi se aprovecha y lo incita a romper el sello totalmente a lo que él accede desesperadamente. Cuando estaba a punto de hacerlo aparece el propio Yondaime ante el asombro de Naruto y la cólera del Kyūbi, explicando que él habia sellado al Kyūbi de forma tal que apareciera en la mente de Naruto cuando 8 colas hayan sido liberadas, le dice al Kyūbi que esperaba no verlo nunca más, y dice que se encuentra feliz por ver a su hijo crecido aunque sea en una circunstancia como la actual. Luego le revela a Naruto que él es su padre, y aunque este se siente feliz, le reclama a su padre por haber encerrado al Kyūbi dentro de él. Minato le pide perdón a Naruto, diciéndole que solo él puede realizar la misión que le dejó Jiraiya de eliminar el odio del mundo. Vuelve a realizar el sello del Kyūbi en Naruto para detener la transformación, y después de esto desaparece, advirtiendo a Naruto que iba a ser la última vez que realizara el sello.