Si Manuel Azaña dejó de ser un político prácticamente desconocido por la opinión pública para convertirse en jefe del Gobierno y líder indiscutido de la izquierda republicana, fue en gran parte por su labor al frente del Ministerio de la Guerra. Las medidas que aplicó para racionalizar y democratizar las obsoletas Fuerzas Armadas constituyen uno de los aspectos más destacados de la obra del bienio reformista, y prácticamente el único que apenas fue rectificado por los posteriores gobiernos radical-cedistas.
Azaña se rodeó de un equipo de técnicos, al frente de los que puso a los generales Ruiz-Fornells y Goded y al comandante Hernández Saravia, con quienes preparó una amplia normativa reformista. Algunas de sus iniciativas buscaban resolver situaciones urgentes, mientras que otras, de más lenta aplicación, pretendían alterar sustancialmente la estructura de las Fuerzas Armadas. Las primeras cuajaron en una serie de decretos durante la primavera y el verano de 1931, que serían luego refrendados por las Cortes. Las segundas, mediante leyes promulgadas durante la permanencia de Azaña en la presidencia del Consejo de Ministros. Los decretos más importantes fueron los siguientes:
a) La promesa de fidelidad a la República. Este Decreto, de 22 de abril, pretendía vincular personalmente a los militares a la defensa del régimen naciente, forzando la baja de los monárquicos recalcitrantes. La práctica totalidad de los profesionales suscribió la promesa, pero es seguro que muchos lo hicieron para no perder su empleo y que ello no les hizo sentirse más obligados hacia el régimen.
b) El Decreto de retiros extraordinarios de 25 de abril, buscaba aligerar las plantillas del personal sobrante, antes de acometer la reforma orgánica del Ejército. Quienes se acogieran al retiro voluntario en el plazo de un mes -plazo que luego se amplió- conservarían el sueldo íntegro. Si no se alcanzaba el número de retiros necesario, el ministro se reservaba el derecho a destituir, sin beneficio alguno, a cuantos oficiales estimase oportuno. Por conveniencia o por miedo, se acogieron voluntariamente a la medida un total de 84 generales, 8.650 jefes y oficiales -más del 40 por ciento del total- y 1.866 clases de tropa y auxiliares. Abandonaron el Ejército los militares menos profesionales, lo que mejoró la calidad media. La reducción de mandos facilitó, además, la reorganización de las unidades y ofreció mejores expectativas de promoción a los que se quedaron, ya que el mayor porcentaje de abandonos se produjo en los grados superiores.
c) Reorganización del ejército metropolitano, iniciada por un Decreto de 25 de mayo de 1931 por el que la División era mantenida como unidad básica de combate, pero las 16 existentes eran reducidas a ocho, con sus efectivos al completo, más unidades independientes de ametralladoras, montaña y cazadores. La Aviación, hasta entonces dependiente del Ejército de Tierra, pasó a formar un Cuerpo General independiente, con su propio escalafón de oficiales (Decreto de 27 de junio). Se disolvió el Cuerpo Eclesiástico del Ejército, constituido por los capellanes castrenses, se traspasó el Cuerpo de Carabineros, encargado de la vigilancia fronteriza, al Ministerio de Hacienda y se independizó a la Cruz Roja, hasta entonces dependiente de las Fuerzas Armadas. Las Regiones Militares, divisiones administrativas de la Monarquía, fueron sustituidas por ocho Divisiones Orgánicas y sendas Comandancias Militares en Canarias y Baleares, al tiempo que desaparecían las Capitanías Generales y la categoría de teniente general, con lo que, en adelante, el empleo más alto que podía alcanzar un militar era el de general de división (Decreto de 16 de junio).
d) Reorganización del ejército de África. En la visión de Azaña, se trataba de un ejército de tipo colonial, que debería tener una estructura diferente del peninsular. Procuró reducir los efectivos militares del Protectorado y crear una administración civil que potenciara la colonización del territorio. El Decreto de 4 de julio disminuyó los efectivos de las tropas coloniales en unos siete mil individuos y poco después se separaron los cargos de Alto Comisario, encomendado a un civil, y de Jefe Superior de las Fuerzas Militares de Marruecos, asumido por un general y subordinado al primero.
e) Reforma de la Justicia militar, dictada por el principio constitucional de la unidad de jurisdicción. Una de las primeras medidas del Gobierno provisional había sido anular, el 17 de abril, la Ley de Jurisdicciones de 1906, que colocaba bajo la Justicia militar a los civiles acusados de delitos contra la Patria o el Ejército. Azaña llegó más lejos al situar la propia jurisdicción castrense bajo la dependencia del Ministerio de Justicia. Suprimió el Consejo Supremo de Guerra y Marina, traspasando sus funciones al Tribunal Supremo, donde se creó una Sala especial con magistrados civiles. Los fiscales militares quedaron bajo la autoridad del Fiscal de la República y se reorganizó el Cuerpo Jurídico militar, que dejó de depender de los mandos territoriales (Decreto de 26 de julio).
Las medidas a largo plazo eran mucho más complejas, ya que suponían un ambicioso programa de modernización material y humana. Buena parte de ellas no alcanzaron sus metas por falta de tiempo o de recursos, pero en conjunto constituían un plan realista y coherente, que hubiera dotado a España de un Ejército acorde con sus necesidades. Las líneas fundamentales de esta actuación fueron las siguientes:
a) Política de destinos y ascensos. Resuelto el problema de la sobrecarga de plantillas, la reforma del personal se centró en la reglamentación de escalas y en la eliminación de las divisiones clasistas que amparaban. El Decreto sobre destinos de 4 de mayo establecía su provisión mediante criterios de antigüedad y dejaba los de los generales a la discrecionalidad del ministro de la Guerra. Posteriormente, las Cortes aprobaron una Ley determinando el pase a la reserva de los generales que no hubiesen tenido destino en seis meses, facultad que permitió a Azaña retirar a algunos de fidelidad dudosa al régimen. Respecto a los ascensos, sendos Decretos de mayo y junio de 1931 posibilitaron la anulación de gran parte de los producidos durante la Dictadura por elección o por méritos de guerra, lo que supuso la pérdida de uno o dos grados para unos 300 militares y un fuerte retroceso en el escalafón para otros que, como los generales Franco y Fanjul, no llegaron a perder el grado. Finalmente, la Ley de Reclutamiento y Ascensos de la Oficialidad, aprobada el 12 de septiembre de 1932, confirmó estas medidas, estableció un baremo para los ascensos en el que primaba la antigüedad y capacitación profesional y unificó en una sola escala a los oficiales de carrera y a los procedentes de la tropa, discriminados hasta entonces.
b) Se determinaron también nuevas modalidades de reclutamiento. Los soldados de reemplazo permanecerían un año en filas, pero los universitarios y bachilleres sólo deberían pasar un período de instrucción de cuatro semanas. La reforma mantenía el injusto sistema de redención del servicio militar mediante dinero, aunque sólo podría aplicarse a partir de los seis meses de permanencia en filas.
c) Reforma de la enseñanza militar (Decretos de 1-7-1931). Una de las primeras medidas de largo alcance del ministro, que deseaba oficiales con una cultura ni más fuerte ni más débil que otros funcionarios públicos de su categoría y su responsabilidad, fue cerrar la Academia General Militar de Zaragoza, creada en 1927 y cuyo director era el general Francisco Franco, repartiendo sus alumnos por Armas entre las academias de Toledo (Infantería, Caballería e Intendencia), Segovia (Artillería e Ingenieros) y Madrid (Sanidad Militar). Para los nuevos cursos de promoción de coroneles y generales se creó la Escuela Superior de Guerra y se abrieron otros centros especializados, como la Escuela Central de Tiro, la Escuela de Automovilismo o el Centro de Transmisiones y de Estudios Tácticos de Ingenieros.
d) Creación del Cuerpo de suboficiales y refuerzo de la Escala de Complemento. La oficialidad de complemento era para Azaña la solución ideal para disponer de mandos sin sobrecargar las plantillas profesionales. Por otra parte, la conversión en suboficiales de determinadas clases de tropa, otorgándoles la propiedad de su empleo y posibilitándoles un posterior ingreso en el Cuerpo de oficiales, no sólo obedecía a criterios técnicos de creación de mandos auxiliares, sino al deseo de mejorar la posición en el Ejército de un sector de profesionales poco favorecido hasta entonces y que era más proclive hacia el régimen democrático que la oficialidad de carrera. La reserva del sesenta por ciento de las plazas en las academias de oficiales para alumnos procedentes de la Escala de suboficiales buscaba, en ese sentido, democratizar la base social e ideológica de los mandos del Ejército.
e) Modernización del material. Aunque en los primeros meses de la República se redujo bastante el gasto militar, continuó siendo una partida importante del gasto público. En 1932 era de 387 millones, lo que suponía un 8, 6 por ciento del total, y en 1933 ascendió a 433 millones, el 9,5 por ciento. No obstante, el dinero para financiar las reformas militares nunca fue abundante. Frente a lo que a veces se dice, Azaña incrementó los efectivos humanos del Ejército y la retirada de diez mil profesionales no supuso un alivio económico, ya que siguieron cobrando sus sueldos íntegros. En tales condiciones, más que una política de rearme mediante compras en el extranjero, se imponía el incentivo a la producción propia. Para ello, la Ley de 6 de febrero de 1932 creó el Consorcio de Industrias Militares, que agrupaba a las fábricas de armas existentes con el fin de centralizar y aumentar su producción. Pero durante el primer bienio, el Ejército apenas compró material de guerra al Consorcio, que tampoco pudo penetrar en el abarrotado mercado internacional.
En conjunto, la legislación militar del primer bienio constituyó un esfuerzo impresionante de planificación, y de haberse podido aplicar como fue diseñada, habría cambiado la faz de las Fuerzas Armadas. Sin embargo, la reforma y, especialmente, la reducción de plantillas, fue duramente combatida por la derecha y por un sector de la oficialidad que, como el general Mola, veía en ella un propósito político de "trituración" de un Ejército del que desconfiaban los gobernantes republicanos. Azaña, no exento de soberbia política, hizo poco para defender su proyecto ante la opinión pública y sus desahogos verbales, que le llevaron a ser tachado de jacobino, contribuyeron a crear agravios que pesaron luego en la actitud contraria al régimen de muchos militares. El intento de golpe de Estado encabezado por el general Sanjurjo, en agosto de ese año, fue exponente del malestar de una parte del Ejército por causas no estrictamente políticas. La fortísima campaña desatada por los medios conservadores contra la reforma, personalizada en la figura de Azaña, contribuyó, además, a convertir al primer ministro en la auténtica bestia negra de muchos militares.