Juventud

Madara Uchiha formaba parte del clan Uchiha, y siendo un prodigio desde su juventud, se entrenó día a día con su hermano menor, quien lo igualaba en términos de poder y habilidad, lo que permitió a ambos hermanos incrementar rápidamente su poder debido al afán de superarse mutuamente, y consiguiendo los dos el Mangekyō Sharingan a temprana edad. Gracias al poder de éste, ambos se alzaron rápidamente con el control de los miembros del clan, unificándolos bajo su mando. Madara se convirtió en el líder mientras su hermano era el segundo al mando.

El Mangekyō Sharingan otorgaba un poder extraordinario, pero al mismo tiempo provocaba una ceguera progresiva. Madara, quien lo había utilizado intensivamente cayó en la desesperación absoluta al verse arrebatado de la posibilidad de ver. Su ansia de volver a ver le llegó al punto de matar a su hermano, que cuidada de él, y arrebatarle los ojos. Cuando Madara transplantó los ojos de su hermano en sí mismo, no solo recuperó la visión, sin sufrir por los efectos secundarios del Mangekyō Sharingan, sino que éste evolucionó a un nuevo nivel. Con este poder, Madara se alzó como líder absoluto del clan. Matar a los familiares y luego usar sus ojos convirtió en práctica común dentro del clan, dándole un fama sangrienta, a pesar de no ser efectiva más que en unos pocos casos. Madara llegó a ser reconocido como el ninja más poderoso de su época.

Fundación de Konoha y derrota

El Clan Uchiha se encontró con el Clan Senju del bosque, y junto a su líder, el que luego sería conocido como Shodaime, Madara fundó Konoha.

Pese a ser aliados en el pasado, ambos tuvieron múltiples desacuerdos acerca de la dirección de la nueva aldea. Estos culminaron en una batalla al borde del País del Fuego, en un lugar conocido como el Valle del Fin a partir de esa batalla. Tan sólo se sabe que fue una batalla tan intensa que transformó el valle en una cascada por la que fluye un río hasta el tiempo presente. La gente de Konoha en honor a la batalla y a los combatientes construyó dos estatuas gigantes en torno a la cascada representándoles. Shodaime fue el ganador del combate, estableciéndose como líder de la aldea y primer Hokage. La gente de Konoha dio a Madara por muerto, y sin embargo, el Clan Uchiha siguió formando de la aldea como parte de gran importancia

 Akatsuki y el Kyūbi

De alguna forma, Madara no había muerto. Años más tarde, fundó la organización Akatsuki, cuya misión sería recolectar los 9 Bijū. Madara entregó el liderazgo aparente a su subordinado Pein, que se convirtió en la cara visible para los demás miembros mientras el Uchiha permaneció controlando todo desde las sombras.

Doce años antes del inicio de la serie, presumiblemente por las palabras de Jiraiya, Madara invocó al Kyūbi y lo liberó en Konoha. Sus planes fueron detenidos por Minato Namikaze, el cuarto Hokage, que selló al monstruo a cambio de su vida

Masacre del Clan Uchiha

Ocho años después, Madara volvería a aparecer en Konoha, reclutando a Itachi Uchiha, como su aprendiz. Juntos, acabaron con todo el clan que años atrás el mismo Madara había unido y dirigido. Este acontecimiento sería el detonante del odio de Sasuke Uchiha contra Itachi.

Sasuke e Itachi

Tobi, el más reciente de los miembros de Akatsuki, que hasta ahora había mantenido una actitud nada temible, se revela a sí mismo como Madara Uchiha. Pein, Konan, Zetsu e Itachi sabían la verdad al respecto. Madara se muestra como el verdadero líder de Akatsuki al ordenarle a Pein que capture a Naruto.

Madara, comportándose como Tobi de nuevo, aparece ante un grupo de ninjas de Konoha entre los que estaba Naruto, mientras estos buscaban a Sasuke, y se dedica a perder el tiempo para impedir que los ninjas de Konoha interrumpan la pelea entre los hermanos Uchiha. Durante ésta, Itachi le revela a Sasuke lo referente a Madara, y sus intenciones de superarlo obteniendo el Mangekyō Sharingan de su mismo nivel.

Madara sirviéndose de su aparente intangibilidad, no tiene problemas con el Rasengan de Naruto y los otros ataques de los ninjas de Konoha. Hinata se da cuenta gracias a su Byakugan de que el chakra de Madara, como él mismo, puede desaparecer a voluntad, evitando los insectos de Shino. De hecho, hace esto sin necesidad de sellos y de manera instantánea, teletransportándose.

Zetsu interrumpe la acción, anunciándole el resultado del combate. Madara, que señala que sabía de antemano el resultado de la pelea, les indica a los de Konoha que se volverán a encontrar. Luego desaparece, no sin antes conseguir ver Kakashi que debajo de su máscara hay un Sharingan.

Sasuke despierta en una cueva, desorientado y cansado después de su combate con Itachi. Madara aparece junto a él revelando su verdadera identidad al retirar su máscara. Además, indica a Sasuke que le mostrará la verdad sobre Itachi.